天然物である珪藻土は非晶質シリカ（非結晶質の二酸化ケイ素）などから成ります。乾燥品には天然由来の結晶質シリカである石英がわずかに含まれることがあります。一方、焼成された珪藻土は、非晶質シリカの一部が結晶化したクリストバライトを含むことがありますが、その程度は原料や処理方法によりさまざまです。

結晶質シリカ（砂や石英として最もよく見られる）は世界中に最も豊富に存在する物資で、地殻の12% 以上を占めます。結晶質シリカは、ほとんどの岩、砂、土壌の中に存在し、ほとんどの人が毎日のように接触しています。結晶質シリカの形態としては、石英（クォーツ）、クリストバライト、トリジマイトがあります。

非晶質シリカは乾燥特性があるため、上気道や目に対してわずかな刺激性があり、皮膚を刺激することがあります。非晶質シリカによる長期的な健康への影響はほとんど報告されていません。一方、結晶質シリカ粉じんを高濃度で長期間にわたり吸入することは、じん肺（珪肺）や肺ガンといった呼吸器系の疾病に関係します。結晶質シリカ粉じんの長期にわたる吸入は、過去数世紀の間、鉱業、農業、その他の産業で職業病の主たる要因でした。しかし、産業衛生に関する改善された作業標準の実施によって、作業者への暴露が低減され、過去50 年以上に渡りシリカ関連疾病の発生は減少してきました。

国際ガン研究機関（IARC）は、既存の疫学的および毒物学的な文献の重要な評価に基づいて、ヒトに対する化学物質の潜在的な発ガン性リスクを評価するために1960 年代後半に設立されました。1997 年、IARC は｢職場で発生し、吸入される、石英あるいはクリストバライトのヒトに対する発ガン性の十分な証拠がある｣、そして、｢非晶質シリカのヒトに対する発ガン性の証拠は不十分である｣との結論を出しました。

結晶質シリカにどの程度の発ガン性リスクがあり、そのリスクをどのようにコントロールするかは、世界中の研究者や規制当局で論争の対象となっています。

欧州職業暴露限界検討委員会は2003 年6 月に次のような重要な結論を出しました。
｢吸入性シリカ粉じんのヒトに対する主要な影響は珪肺である。相対的な肺ガンのリスクは珪肺罹患者において増大している（そして、明らかに、採石場やセラミックス産業で珪肺に罹患してない作業者については、リスクが増大していない）と結論づける十分な情報がある。したがって、珪肺の発病を防止することがガンのリスクを低減するだろう｣

日本でも、2002 年10 月に、厚生労働省により、肺ガンを引き起こすじん肺の健康管理を検討する研究会が開催され、ここでも次のような重要な結論が出されました。
｢今回の研究会の疫学的結果からは、じん肺病変を介さない結晶性シリカそのものの発がん性を、明らかに肯定する知見は得られなかった。したがって、結晶質シリカの発ガン性を明確には認めがたい｣

日本の労働安全衛生法および関連する規制では、職場の作業者を防護するために、雇用者がきめ細かい安全衛生の措置をとるよう規定されています。厚生労働省により化学物質の｢管理濃度｣、すなわち職場での暴露濃度が設定され監察されています。

一方、日本産業衛生学会では、科学的研究調査に基づいて、｢許容濃度｣を勧告しています。この勧告値は厚生労働省が上述の｢管理濃度｣を最終決定する上でしばしば参考にされています。ここで、許容濃度とは、ある物質について、1 日8 時間、週間40 時間の平均暴露濃度がこの濃度を超えなければ、ほとんどの作業者に健康への影響がでないと判断される数値として定義されます。吸入性結晶質シリカの許容濃度は、0.03 mg/m3 です。これに対して珪藻土の許容濃度は、吸入性粉じんで0.5 mg/m3、総粉じんでは2 mg/m3 となっています。厚生労働省が定める粉じん管理濃度は、次に示す式の｢E｣として算出されます。

ここで、Q は粉じん中の遊離珪酸（結晶質シリカ）の含有率〔％〕です。例えば、粉じんが100％結晶質シリカであれば、管理濃度は0.025mg/m3 となります。

工程管理と共に、定期的な作業環境中の粉じん濃度測定を含む衛生管理計画を体系的に行うことで、職場での暴露が基準を下回るレベルに維持されることを確かなものにできます。これと共に、珪藻土製品の使用と安全な取り扱いに共通して適用できる模範的な作業標準があります。これには、粉漏れや発じんを防止し、もし粉漏れがあれば速やかに掃除するということが該当します。工程管理については、取り扱い中に発生する粉じんを捕集できるよう十分に検討して設計、維持、操作をして下さい。作業者が職場で珪藻土の安全な取り扱いができるよう、また、個人保護具を着用してそれを維持するよう訓練してください。

すべての珪藻土製品の取り扱い時に、次のような模範的な作業標準が推奨されます。

屋外や狭い場所など、適切な排気装置が利用できない状況で、珪藻土やこれを含む粉末状の塗り壁材などを取り扱う時は、粉じんが漏れないように作業場をシートやボードなどで囲い、防じんマスクなどの個人保護具を着用して下さい。珪藻土を含む壁材などを除去するような場合は、発じんを防止するために、予め表面に散水するか、湿式の剥離剤を使用して下さい。壁全体を撤去する場合は、予め壁に水を散水した後、常に散水しながら作業を行って下さい。

GHS とは、2003 年に国連勧告として採択された「化学品の分類および表示に関する世界的調和システム
（The Globally Harmonized System of Classification and Labelling of Chemicals）」の頭文字をとった略語です。これは、化学品の危険有害性を世界的な基準に従って分類し、その結果を製品のラベルやSDS（Safety Data Sheet︓安全データシート）を通じて周知し、災害の防止、取扱う人の健康、および環境保護に役立てようとするものです。

珪藻土の場合は、労働安全衛生法で「0.1% 以上の結晶質シリカを含むもの」に該当しますので、法第57 条に基づくラベル表示、SDS 交付、およびリスクアセスメントの実施が義務づけられています。このため、それぞれの事業者は自ら、関連JIS や政府発行のガイダンスに基づいてGHS 分類を実施し、ラベル表示、SDS 交付、およびリスクアセスメントを実施しています。

発じんしやすい材料を取り扱う時は、適用される管理濃度に適合する工程管理をお願いします。しかし、この管理が不十分または現実的でない時は、可能性のある最も高い粉じん濃度に適合した防じんマスクを着用して下さい。粉じん濃度が管理濃度を常に下回る時は、法律の視点からは防じんマスクは不要ですが、作業者の希望があれば防じんマスクが利用できるように配慮下さい。防じんマスクを適切に選定し、着用し、その機能を維持することは、安全メガネや手袋などの個人保護具と共に、暴露の可能性を低くする必須の要素です。もちろん、この保護具を常に着用することもまた必要です。

日本では、厚生労働省により防じんマスクの規格が定められ、さまざまな防じんマスクが市販されています。管理濃度が0.1mg/m3 以下の場合に使用できるマスクは、RS2、 RS3、 RL2 もしくはRL3 のカテゴリーのものです。また、管理濃度が0.1mg/m3 を超える（すなわち規制が緩い）場合には、これらに加えてRS1 もしくはRL1 のカテゴリーのものも使用できます。